「副作用」的正式名稱應為「藥物不良反應」，行政院衛生署藥品不良反應通報系統將其定義為:「基於證據、或是可能的因果關係，而判定在任何劑量下，對藥品所產生之有害的、非蓄意的個別反應」。
藥物不良反應根據其發生的原因又可分為兩種:
第一種與藥品本身的藥理作用相關，大概占80%，例如常見的感冒藥中抗組織胺造成嗜睡、使用抗生素一陣子後出現腹瀉情形、抗膽鹼類藥品造成口舌乾燥等，此類症狀多半較為輕微且與服用劑量相關，停藥後即可有所改善。
第二種則與藥品本身的藥理作用無關，例如使用消炎解熱藥品後皮膚出現紅疹發癢、使用抗生素後突然發生過敏性休克等等，此類症狀多半較為嚴重，除停藥外尚須給予一些緩解或治療症狀的藥品，發生的機率與使用劑量亦較無明顯關連。 民國93年起，藥物安全監視及藥物不良反應通報始列於藥事法中;同年8月、9月陸續公告「嚴重藥物不良反應通報辦法」及「藥物安全監視管理辦法」，自始藥物不良反應通報等藥物安全管理措施，得以依其法源基礎行政。
民國94年起，藥物不良反應之申報相關業務合併由全國不良反應通報中心單一窗口受理，若是病人使用藥品後出現下述情況:
1.死亡。
2.危及生命。
3.造成永久性殘疾。
4.胎嬰兒先天性畸形。
5.導致病人住院或延長病人住院時間。
6.其他可能導致永久性傷害需做處置者。
皆可向全國不良反應通報中心通報，通報人員除醫護人員外，藥品廠商或是一般民眾皆可進行通報，共同為合理用藥及提昇台灣民眾藥物使用安全性盡一份心力。
那麼，若是病人依照醫師指示正確使用藥品，但是卻因藥品本身特性、用藥者個別體質及病情之差異，以致在合理用藥之情況下發生無法預期之藥物不良反應，甚至導致病人出現嚴重殘疾甚至死亡時，是否有所補償呢？
答案是有的，民國89年5月31日起實施的「藥害救濟法」，就是保障病人在正當使用合法藥物下，發生嚴重藥物不良反應事件(指因藥物副作用而需住院、延長住院時間、需作處置以防止永久性傷害、取得身心障礙手冊、死亡)時，可以獲得及時之救濟。
病人本人於知道藥害發生時起3年內，都可以提出藥害救濟的申請，若本人無法提出(例如未成年或死亡等等)，則由法定代理人或法定繼承人提出申請。
截至民國100年，共有1747件申請案，平均獲得救濟比率逾五成，須注意審議結果僅作為判定救濟與否之依據，其是否成立其他民、刑事責任，應依司法機關裁判為準。
特別強調，藥害救濟適用範圍是「正當使用合法藥物」情況下所發生的藥害，若是自藥局購買「處方藥」自行使用，雖然藥物本身有衛生署許可字號，是合法藥物，但因並無醫師處方就使用，並不符合「正當使用」的條件，因此無法給予藥害救濟。
此外，若因施打疫苗而發生不良反應時，需依據「預防接種受害救濟基金徵收及審議辦法」之規定申請預防接種受害救濟，而非依藥害救濟申請。
用藥安全的把關是一層層的，依序除了衛生署、藥廠、醫院及醫護人員外，民眾是最後的一道防線，建議大家養成習慣，在拿到藥品後需核對藥品是否正確，依照藥袋標示或醫師、藥師的說明正確服藥和保存藥品。倘若曾有藥物過敏，可利用小卡片記下藥名或用貼紙貼於健保卡上，日後就醫時也要主動告知醫師，避免再次接觸到過敏藥物，以保障自己的健康。★
