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2008.08.01 院長黃祖源醫師到院赴任。歡迎他進入新樓大家庭，願上帝賜福給新院長以耶穌基督謙卑的精神及智慧、愛心、耐心、魄力來帶領新樓醫院走向另一個高峰。
2008.08.05 本院董事會重新改組，選出新任董事長為冬聰凜牧師。新任董事名單如下:台南中會-冬聰凜牧師、丁忠和牧師、楊恒銘牧師、周信典牧師、梁秋圓長老;嘉義中會-周明傑醫師;高雄中會-涂世文長老;屏東中會-盧章聖牧師;壽山中會-黃錫勛牧師;台南神學院-吳富雅牧師;醫療相關代表-葉靖宜醫師、余雅美教授、陸毓明醫師、李景陽醫師、蕭士銓醫師。
2008.08 本院參加由醫策會所舉辦BTS「降低急性心肌梗塞病人再灌注時間」之團隊，獲醫策會肯定與讚賞，並對醫院形象有顯著提升。
2008.10.04 舉行本院第三任院長黃祖源醫師就任授職典禮拜。
2008.11.14 麻豆新樓醫院承接台積電台南廠區健康照護服務，提供其員工更便利、整體的醫療及健康管理服務，這也是新樓醫院為高科技菁英提供健康照護服務立下的一個新里程碑，雙方在總院舉行簽約式。
2009.02.14 下午美國長老會總會總幹事一行在台灣基督長老教會總會總幹事許德謙牧師等人陪同下蒞臨總院參觀，由黃祖源院長親自接待，三位副院長及院牧部主任許天賢牧師皆陪同出席，院方透過播放醫院簡介片讓貴賓們瞭解醫院從事醫療傳道事工的情形，雙方也針對醫療傳道事工交換意見，誠為一次有意義的參訪。
2009.03.18 恭賀黃祖源院長當選台灣教會醫療院所協會(CHCA)理事長，任期三年。
2009.03.24 本院安寧團隊於安寧病房交誼廳舉辦安寧病房音樂會，由本院關懷師、義工、外來關懷團體以音樂演奏、分享、詩歌等不同形式所演出。讓安寧病人及家屬在住院的日子裡，也有美好歡樂的時光，留下美好回憶。
2009.04.01 與長榮大學建教合作簽約式。
2009.04.06 總院舉行員工餐廳重新裝修啟用禮拜，新的餐廳在整體色澤美化上，給予大家很大的視覺享受，除了恢復供應自助餐，增加菜單的選擇性及主菜種類外，同時增加自助洗碗槽，鼓勵員工自備碗盤，以推動環保工作。
2009.06.16 與台南神學院簽訂宿舍合約。
2009.08.19 本院糖尿病照護率為台南市第一名，達.30.39%
2009.08.19 本院家庭醫學科通過外勞健檢作業認證及臨床檢驗科通過ISO 15189醫學實驗室延展認證。
2009.11.04 本院獲得「98年度婦癌防治工作」特優組第一名(子宮頸抹片檢查及乳癌篩檢)。
2009.11.04 恭賀本院居家護理室榮獲98年度台南市衛生局『居家護理機構督考榮獲特優』。
2009.11.11 台南院區醫師團契會長及幹部就任式:會長~蔡江欽副院長、副會長~劉啟舉醫師、靈修~董景弘醫師、會計~買明信醫師、活動~蕭夢熊醫師，願上帝賜福在他們身上，帶領未來各項事工的進行。
2009.11.19 麻豆院區舉行醫師團契會長及幹部就任式:會長~施榮茂醫師、副會長~江培華醫師、書記~唐秋敏醫師、會計~李明親醫師。
2009.12.09 獻獎:本院參與八八莫拉克水災協助義診災民，總會頒發感謝獎牌一面，以表致謝。
2009.12.16 九十八年度推動婦女癌症防治工作(子宮頸抹片檢查)執行成效優良，獲特優組第一名。
2009.12.17 總院舉行聖誕聚餐，參加人數約900位。2009.12.18分院舉行聖誕聚餐，參加人數約550位。
2009.12.17 舉辦成立腦中風團隊記者會。
2009年 員工受洗人數:總院6名、分院1名。
2010年 本院榮獲「98 年度台南市急重症醫療品質考核第一名」。
2010.01.21 麻豆院區舉行眼科儀器啟用感恩禮拜。
2010.01.22 牙科於舉辦PACS及新治療椅啟用感恩禮拜。
2010.01.30於台南院區馬雅各紀念堂舉行台南麻豆新樓榮獲新制醫院評鑑優等醫院暨教學醫院合格之感恩禮拜。
2010.02.03 台南及麻豆二院區皆通過ISO27001資訊安全認證。
2010.02.04~02.05 本院董事會與院內部份主管參訪羅東聖母醫院，聖母醫院在照顧弱勢族群及長期照護有很好的發展，透過觀摩參訪達到促進院際情誼交流及標竿學習的目的。
2010.03.06 緬懷馬雅各醫生早期對台灣醫學的貢獻，舉辦145週年院慶活動系列活動-騎鐵馬追隨醫療傳道腳步回顧之旅。
2010.03.30 邀請單國璽樞機主教到院演講，題目『划到人生的更深處，活出生命的光與熱』。
2010.03.31 本院社區健康中心為98年台南市唯一通過執行推動無菸社區計畫，且執行成效優良，衛生局特頒獎牌以資鼓勵。
2010.04.06~04.09 舉行第55屆長老教會總會年會，地點在長榮女中舉行，開會期間本院將購送每位與會者一個手提袋、書籤。為關懷牧長身體健康，在總會年會第二天上午(4/7)提供免費的健康檢查。
2010.05.14 安彼得基金會董事會進行董事長改選，由黃祖源院長擔任。
2010.05.24 癌症資源中心正式啟用，並於2010.06.17(四)下午3:30舉行啟用感恩禮拜。
2010.06.21、2010.06.24 分別於台南與麻豆新樓醫院舉行教會社區衛教訓練，現場提供衛教訓練並贈送台南縣市各教會血壓計及體脂計各一台。
2010.07.03 舉行145週年院慶系列活動~「海外醫療傳道-國際醫療援助實務研討會」，地點:六樓馬雅各紀念堂。
2010.07.07~2010.07.10 舉行145週年院慶系列活動~『小醫師及小護士體驗營』，共有30名高中職學生報名參加，此次活動感謝各位同仁的支持。
2010.07.10 舉行145週年院慶系列活動~『員工子女夏令營活動』，地點:台南神學院的禮拜堂及玫瑰花園。感謝營養室及環衛的協助，使此次活動圓滿完成。
2010.07.15 於六樓會議廳召開社區健康中心記者會，主題「新樓號健康列車開跑」。此次記者會本院與台南縣市38間教會合作，贈送血壓機、體脂機以落實社區居民健康維護及深化社區居民健康的監測，於記者會進行頒獎儀式。
2010.07.18、2010.07.25 分別舉行麻豆及台南院區2010年新樓醫院創新發展研討會。此次研討會主要為醫院未來創新業務、各科發展、願景達成、流程簡化四大方向，讓全院主管共同參與討論及規劃未來短、中、長期之目標。
2010.08.04 進行145週年員工禮物(紀念袋、書籤)發送，與全院員工共享這份喜樂。
2010.08.04~08.05 本院為學習馬雅各醫師佳美脚踨，醫院同仁組成醫療照護團隊，前往屏東縣牡丹鄉牡丹村、獅子鄉內文村醫療義診短宣服務，以行動回應上帝對新樓的祝福及恩典。
2010.08.22~09.04 舉行145週年院慶系列活動~海外醫療傳道:印度醫療義診』。
2010.09.13~09.15 總會舉行全國退休傳教師夫婦聯誼會年會，為感念退休牧者夫婦辛勞，本院於2010.09.13晚上安排宴請退休牧者傳教師餐敘，並於9/14上午安排醫療團隊提供健康諮詢及服務 (抽血、各項檢測…等)。
2010.09.16 麻豆院區舉行復健科擴建啟用感恩禮拜。
2010.09.16 麻豆院區舉行周產期調理病房啟用感恩禮拜。
2010.09.24法人不動產所有權人名稱及統編更正:
台南:土地19筆，建物2筆，合計21筆。
安南:土地4筆，建物1筆，合計5筆。
麻豆:土地5筆，建物2筆，合計7筆。
合計共33筆不動產。
2010.10.14 Rev.Bruce夫婦(加拿大前總會議長)蒞臨本院。
2010.10.20 蘇格蘭總會議長蒞臨本院講道。
2010.10.21 收到行政院衛生署之同意報備函:本院擬以新台幣39,802,364元購置台南縣麻豆鎮埤頭段地號0673-0000~0009等十筆土地案。
2010.10.21 麻豆院區舉行骨質密度檢測儀啟用感恩禮拜。
2010.10.22 舉行癌症防治中心啟用感恩禮拜。
2010.10.22 收到行政院衛生署之同意報備函:因配合台南市政府土地徵收，擬處分台南市安南區海北段210、223地號共兩筆土地(總面積21.41平方公尺)案。土地補償金為438,999元，已於2010.11.04完成補償金領款手續;土地改良物補償金188,973元目前行政流程核備中。
2010.10.29 舉行婦女泌尿中心啓用感恩禮拜。
2010.11.03~11.06 於走馬瀨農場舉行2010年台灣教會醫療院所協會(Taiwan Christian Health Care Alliance, CHCA)年會，此次主辦單位為新樓醫院、嘉義基督教醫院、嘉義聖馬爾定醫院，請關心及代禱。
2010.11.11~11.13 帶領CHCA團隊參加於日本舉行的2010年台日韓高階主管會議。
2010.11.17 舉行體檢中心破土感恩禮拜，預計2011年3月中旬完工。
2010.11.21 於台南生活美學館演藝廳舉行癌症病友音樂會。
2010.11.20 舉行『145週年感恩禮拜』，地點:長榮女中大禮堂。
2011年，本院發起協助弱小教會推展醫療傳道事工，選定「台南市玉井區豐里教會」為醫療傳道事工的合作教會。
2011.03.05 行政院衛生署署長邱文達醫師蒞臨本院訪視流感急診服務量。
2011.03.15 於本院B2放射腫瘤科侯診大廳舉辦影像導航放射治療系統啟用感恩禮拜，董事長周信典牧師蒞臨主理。
2011.03.30 為日本311海嘯大地震地區奉獻金額共1,406,800元。
2011.04.15 董事長與院長帶領本院同工代表至台北三芝參訪雙連安養中心。
2011.04.27 台南院區二樓圖書館舉行「電腦教室」啓用感恩禮拜。
2011.05.01 呼吸照護病房(RCW)正式回歸台南新樓醫院接手繼續營運。
2011.05.31 勞工體檢中心完成驗收，並於2011.06.29舉行啟用感恩禮拜。正式名稱取名為『馬雅各健檢中心』。
2011.06.26 本院與公報社合作出版「馬雅各紀念專刊」。
2011.07.16~07.17 支援第四屆部落服務隊義診活動。地點:高雄縣杉林鄉互愛街愛農教會及屏東瑪家農場。
2011.07.21 門診雷射美容中心啓用感恩禮拜。
2011.09.03 於台南院區馬雅各紀念堂舉行全院共識營。
2011.11.10~11.12 帶領CHCA團隊參加於韓國舉行的2011年台日韓高階主管會議。
2011.11.10 黃祖源院長連任台灣教會醫療院所協會(Taiwan Christian Health Care Alliance, CHCA)理事長、擔任第一屆亞洲基督教醫院協會(Asian Christian Hospital Association, ACHA)理事長，並訂於2012.11.08~11.10於台南由新樓醫院主辦年會。
2012.02.11 泰國八家基督教教會醫院之院牧人員蒞臨本院參訪，互相交流、學習經驗。
2012.03.01 新樓醫院電子報第一期發行。新樓電子報資訊平台建置合作對象為長榮大學資訊系蔡長明博士團隊。
2012.03.28 監察院黃煌雄委員協同健保局官員共12人蒞臨本院訪視指導。
2012.04.17 舉行台南院區MRI啟用感恩禮拜。
2012.05.18~06.23 所舉行之六梯次全院員工教育訓練已圓滿結束，感謝各位董事的參與。
2012.05.18~06.23 所舉行之六梯次全院員工教育訓練已圓滿結束，感謝各位董事的參與。
2012.08.30 84快速道路醫療專車(中型巴士)啟用，提供麻豆至玉井間之醫療相關服務。
2012.09.01 舉行院長黃祖源醫師續任感恩禮拜。
2012.09.08 『總會婦女事工九十週年慶典』外賓參訪團共33人來訪。
2012.10.25 麻豆院區舉行「數位乳房攝影機」啓用感恩禮拜。
2012.10.29 二樓新眼科、中醫科及皮膚科正式開診。
2012.11.08~11.10 舉行第十八屆ACHA(亞洲基督教醫院協會)年會，參加人數約150人左右，12~13個國家。年會當中有邀請台南市政府賴清德市長擔任「亞洲基督教醫院協會(Asian Christian Hospital Association, ACHA)第十八屆年會」之歡迎晚宴致詞，並請市政府大力支持以提昇台南市的國際知名度及11.09晚宴中特別邀請李前總統登輝先生蒞臨。
2012.11.30舉行「六樓行政區」、「二樓新門診區」、「急診CT及X光室」整建聯合感恩禮拜。
2012.12.01~12.02及2012.12.08~12.09 分別於台南及麻豆院區舉行共識營。
2013.01.01~2015.12.31台南新樓醫院通過癌症診療品質認證。
2013.01.09 台南院區榮獲醫策會舉辦2012年醫療品質改善突破系列之-提升敗血症照護品質「最佳標竿團隊貢獻獎」。
2013.01.09 台南院區榮獲台灣醫務管理學會舉辦「2012年全國醫院醫療品質學術研討會」論文競賽銅牌獎。
2013.01.21及2013.01.23 分別完成台南院區及麻豆院區供應室高壓鍋及整修工程。
2013.04.24 進行護理資訊系統交車(護理車)及螢幕裝置進度。
2013.05起，台南市政府委託台南院區辦理「遠距照護計畫」。
2013.05.28 新樓醫院與宏昇營造股份有限公司進行麻豆新樓護理之家新建工程簽約儀式。
2013.06.28 進行102年度癌品計畫行政訪查。
2013.06.28 順利完成麻豆新樓護理之家定礎感恩禮拜。
2013.07.01 起，自購二院區交通車(大巴士)正式啟航。
2013.07.01 起，麻豆院區增設海線醫療服務專車，提供大台南海線(七股至北門區)及麻豆週邊民眾免費接駁就醫服務。
2013.07.04 麻豆院區心導管室成立啟用。
2013.07.04 麻豆院區設置重大儀器MRI(磁振造影掃瞄儀)正式啟用。
2013.08.08 台南新樓醫院附設安南門診部重整開幕(擴大服務--增設中醫科及復健科)。
2013.08台南新樓與麻豆新樓檢驗科規劃設置中央實驗室(合作公司:保吉生化學股份有限公司)。
2013.09.25 賀台南新樓醫院與麻豆新樓醫院102年榮獲區域教學醫院評鑑優等。有效期間自民國103年1月1日起至民國106年12月31日止。
2013.10.12~10.13及2013.10.19~10.20 於義大天悅飯店分別舉行台南新樓醫院與麻豆新樓醫院共識營。
2013.10.31台南新樓醫院參加102年度臺南市政府衛生局優良哺集乳室評選依法設置機關(構)組榮獲第一名;麻豆新樓醫院榮獲第八名。
2014.04.22~04.25 總會年會期間，本院推出「疼惜牧者健康檢查及健康促進活動」，完全免費，服務內容包含:專人協助量骨質密度檢測、體脂肪檢測、健康諮詢衛教、協助取藥(慢性處方箋)、預約掛號及專人陪同看診。抽血服務，內容包含癌症篩檢、血液生化檢驗。
2014.04.23 總會年會外賓來訪當日計有30名分別來自14個國家國外貴賓蒞臨本院參訪(日本、美國、韓國、印尼、牙買加、薩摩亞、蓋亞納、南非、孟加拉、吉里巴斯、尚比亞、德國、加拿大、巴布新幾內亞)。
2014.05起，台南新樓醫院成立醫學美容中心。
2014.05.01 台南新樓醫院進行南棟一樓門診大廳第二階段整修(門診批價、服務台、注射室、傳送中心、社區健康、南棟廁所、南東西棟公共區、公播系統、門診電腦報到系統)。
2014.05.07 台南院區於2樓門診區舉行「檢驗科及藥劑科整建」暨「醫學美容中心開幕」聯合感恩禮拜。
2014.06.17 舉行麻豆新樓醫院成立本市第二站「性侵害案件一站式服務」啟動記者會。
2014.06.19 舉行麻豆新樓護理之家上梁感恩禮拜。
2014.07.07 起，現場掛號/批價/住、出院手續/各類診斷書等業務申辦，改為『抽取號碼方式』為民眾服務。
2014.08.29 台南新樓醫院:一樓門診大廳第二階段工程已部份完工，包含南棟公廁-新增無障礙廁所、門診業務室、服務台、注射室、住院服務中心。103.09.01(一)起，本院住院服務中心業務開展，內容:第一台手術病人入院及術前護理、轉診轉檢業務、入院病人服務。
2014.10.04 下午2:00~103.10.05(日)新樓醫院與路加傳道會於台南新樓醫院合辦「2014全國醫務人員暨醫務學生退修會」，參加人員約300人。
2014.10.20 台南新樓醫院婦產科建立人性化照護系統，成立二間「平安喜樂樂得兒單人待產套房」(LDR產房)，LDR產房提供產婦從待產、生產到產後休息完全不須換床，有個人專用衛浴設備、隱密性高，為生產歷程留下美好的回憶。
2014.10.24 健保署慶祝成立20週年進行拍攝「全民健保 傲視全球」影片，當天健保署北部業務組企劃組長及TVBS記者蒞院採訪黃院長，訪問內容為「全民健保在臺灣醫療的貢獻及重要」。
2014.11 國家圖書館將新樓院訊自no.100期起收錄為館藏。
2014.11.06~11.08帶領CHCA團隊參加於日本舉行的2014年亞洲基督教醫院協會(Asian Christian Hospital Association, ACHA)第十九屆年會。
2014.12.18 台南院區參加2014 SNQ國家品質標章醫療院所類/醫院特色醫療組評鑑活動，以「全方位高危險妊娠照護」榮獲SNQ國家品質標章認證，黃院長代表醫院於總統府由副總統吳敦義頒授證書。
新樓醫院150週年慶典系列活動。
2015.03.07 尋根騎跡之旅
2015.04.26 高爾夫球賽
2015.05.16 桌球賽
2015.06.09~23 學術研究成果展
2015.06.16 馬雅各紀念大樓、宋.伊利莎白紀念禮拜堂暨護理之家成立之聯合感恩禮拜
2015.09.26 遠距照護研討會
2015.10.16 感恩音樂會
2015.11.21 運動會
2015.03.10~2017.03.09台南健康管理中心通過醫策會『健康檢查品質認證』。
2015.03.30麻豆院區榮獲103年度母嬰親善績優醫療院所全國第一名，十項評比都獲得滿分。
2015.05 台南院區「復健科治療室」重新裝修完工，全新復健科治療室提供專門的分區治療空間，設有物理治療室、職能治療室與兒童復健室。
2015.06 全家便利商店進駐台南院區，多功能服務滿足顧客及員工生活需求。
2015.06.02 取得馬雅各紀念大樓「使用執照」(2015.06.01台南市政府工務局核准)。
2015.06.04~2015.06.05 麻豆新樓護理之家試營運，安排院內10位主管入住測試流程、服務及軟硬體之完備性，做為啟用前之修正與調整。
2015.06.16 新樓醫院150週年慶典「麻豆院區馬雅各紀念大樓、宋.伊利莎白紀念禮拜堂暨護理之家成立之聯合感恩禮拜」圓滿結束，當天邀請民進黨蔡英文主席及台南市政府賴清德市長蒞臨，也接待國內外宣教師(宋‧伊利莎白醫師的後裔及其他家族)並提供國內外宣教師交通及住宿等相關費用，參加感恩禮拜人員共約337位。
2015.06.12~06.17 新樓醫院「150週年學術研究成果展」於馬各紀念大樓展出，台南院區20篇、麻豆院區20篇。
2015.07.01 取得馬雅各紀念大樓「建物所有權狀」。
2015.07.07 麻豆新樓護理之家正式營運。
2015.07.30 嘉義中會普世事工部及英國聯合歸正教會貴賓參訪新樓醫院。
2015.09.17 大愛電視台蒞臨本院進行「守候雲端，新樓醫院遠距健康照護中心為主題報導」影片拍攝首播。
2015.10.16 新樓醫院150週年慶典「感恩音樂會」，於台南市立文化中心盛大舉行，當天參加人員共約1,300位，圓滿結束。
2015.10.21 馬雅各紀念大樓6F舉行麻豆新樓護理之家啟用感恩禮拜，當天蒞臨來賓有永康奇美醫院、柳營奇美醫院、佳里奇美醫院、台南市立醫院、郭綜合醫院、營新醫院、高雄榮民醫院台南分院及相關照護機構…等代表參加;2015.10.01台南市政府衛生局已核准第二階段再開放40床，合計共達80床。
2015.10.28 新樓醫院與南台科技大學及奇美醫院合辦邀請葉恭平博士蒞臨演講「世界新能源與新醫療的高科技趨勢」，地點:南台科技大學圖資大樓13樓國際會議廳。
2015.10.28 麻豆院區馬雅各紀念大樓榮獲第17屆國家建築金質獎，院長代表醫院前往授獎。
2015.11.09~11.11 新樓醫院、奇美醫院、成大醫院與亞洲健康識能學會於台南市合辦2015年「健康識能與健康照護效益國際研討會」，2015.11.08(日)下午約有30位左右各國貴賓蒞臨新樓醫院參訪馬雅各醫學紀念館。
2015.11.12~11.14參加於韓國舉行的2015年亞洲基督教醫院協會(Asian Christian Hospital Association, ACHA)第二十屆年會。
2015.11.21 下午於長榮中學舉行新樓醫院150週年慶典「運動會」圓滿結束，當天參加員工共約1,000多位。
2015.11.21麻豆院區榮獲臺南市政府衛生局表揚為「社區健康營造績優社區」、「社區健康營造成果展示」第1名。
2015.11.30 台南院區與麻豆院區舉行聖誕點燈，同時間舉行馬雅各醫學紀念館揭牌暨全家便利商店開幕感恩禮拜。
2015.11.30 於台南院區門診大廳舉行馬雅各醫學紀念館揭牌開幕感恩禮拜。
2015.12.18台南院區通過台灣更年期友善醫院認證，為大台南第一家認證合格醫院並於門診大廳舉行揭牌活動。
2015.12.22台南院區榮獲SNQ國家品質標章-安全、便捷、自動化的優質醫事檢驗服務，蔡江欽副院長代表前往總統府接受表揚。
2016.01.01~2019.12.31台南院區通過「104年度癌症診療品質認證」。
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