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本院擔任成大、奇美、高、嘉長庚、大林慈濟、彰基、嘉基、高榮、中山共九家主訓醫院之社區醫學合作醫院，即「畢業後一般醫學訓練」為期二個月的社區醫學訓練課程，此課程由社區醫學部與教研中心規劃主導，並與相關合作單位有:台南市政府照顧服務管理中心、台南市衛生局、官田衛生所、下營衛生所、麻豆新樓醫院、衛生福利部胸腔病院、台南市關懷協會等。為了讓學員能有充足的學習環境，並能從白色巨塔外看到、體驗到不同的領域視野，新樓醫院完整的配套訓練課程中，由不同專職的臨床老師帶領學生走進社區進而了解參與社區運作，從邊看邊學習中發現社區民眾對醫療的需求與協助，因此醫師的角色不再只局限於醫院裡忙進忙出，只解決疾病問題，病人回到社區後才是另一個問題的開始，因此學生接近社區、瞭解社區、找到社區支援，才能協助病人共同解決健康改善方案。
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