I.舊醫館時期(1865~1900)

1865~1871
　台灣第一間現代化西式醫院，係由馬雅各博士(Dr. James Laidlaw Maxwell)所創設，一般稱為「新樓醫館」
。1865年5月28日馬雅各博士抵達旗后(現今高雄旗津)，旋即轉往台南開設看西街醫館(新樓醫院的前身)，進行醫療傳道的事工。

1871~1878
德馬太醫師(Dr. Matthew Dickson)(1871~1878)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
　　1871年2月10日　來台駐在台灣府(台南)。
　　1878年1月08日　退休返回英國，二老口醫館暫時關閉。

甘為霖牧師(Rev. William Campbell)，南部臺灣教會第二任宣教師
　　1871年12月抵達台灣，在南部臺灣教會從事宣教事工達46年之久，一直到76歲才退休返回英國。甘為霖牧師開設台灣第一所盲人學校「訓瞽堂」及編撰廈門音字典。

巴克禮牧師(Rev. Thomas Barclay)
　　在馬雅各醫生開設第二三教區之後，上帝差遣一位偉大的福音使者_巴克禮牧師來台灣(1875年6月5日)，巴克禮牧師於1876年創立台南神學院，又於1885年7月創設台灣教會公報社，其一生獻身台灣福音事工達60年之久。

1879~1901
安彼得醫生(Dr. Peter Anderson)(1879~1901)
　　1879年1月14日來台，在舊醫館服務最久，達22年。新樓醫院在他手中完成設計及興建。1901年2月24日安彼得醫生把新樓交給馬雅各醫生二世，然後轉往旗后醫館(後來變成慕德醫院)。安彼得醫生在台灣醫療傳道近31年而且培養出很多本地的醫學生。

萊約翰醫生(Dr. John Lang)(1885~1887)
　　1885年11月12日　抵達台南開始醫療傳道
　　1887年10月8日　 前往廈門服務

盧嘉敏醫生(Dr. Gavin Russell)(1888~1892)
　　1888年12月22日　抵達台南開始醫療傳道
　　1890年4月28日　 轉往台中開設大社醫館，造福眾多病患，也引領很多人信主;可惜1892年4月患腸熱症，在由彰化轉往台南的途中死於嘉義，英年早逝，得年僅25歲，葬於現今台南市基督教公墓內。

伊利莎白醫生(Dr. Elizabeth christie)(Mrs. Duncan Ferguson/宋忠堅牧師的師母)(1892~1901)
　　1892年2月19日由香港抵達台南。
伊利莎白醫生是宋忠堅牧師(Rev. Duncan ferguson M.A.)的牧師娘，她除了要協助宋忠堅牧師外，本身也是一位忙碌的婦產科與小兒科醫生。在那個年代本島的婦女都不喜歡由男醫生治療，所以女醫生對婦女疾病幫助很大，她也有很多機會傳揚福音，不幸的是，他於1901年1月17日病逝於任內，得年37歲，長眠於台南的教會公墓。

金醫生(Dr. Murray Cairns)(1893~1895)
　　1893年3月20日抵達台南，1895年4月6日患病返回英格蘭。

蘭大衛醫生(Dr. David Landsborough)(1895~1936)
　　1895年12月18日抵達台南。
　　1896年11月29日與梅監霧牧師(Rev. Campbell Moody)在彰化開設醫館。
　　1908年5月暫代馬雅各醫生二世新樓醫院院長職務。
　　1909年12月6日回彰化再開辦彰化醫院。
　　1936年3月6日退休離開台灣。

II.新樓醫生館時期(1900~1935)~台灣在日本統治的年代(1895~1945)

1901~1935
馬雅各醫生二世(Dr. James Laidlaw Maxwell, Jr.)(1901~1923)
　　1901年2月24日抵達台南。
　　從1901至1908，馬雅各醫生二世導入很多新的醫術，像是蒸汽消毒、創設X光...等，也積極進行鴉片戒斷及性病防治，以及致力於痲瘋病的預防與治療。
　　1923年春天，辭去新樓醫院的職務，赴中國上海就任「博醫會」執行幹事。

戴仁壽醫生(Dr. George Gushue-Taylor)(1911~1918)
　　1911年12月抵達台南。
　　1917年出刊「內外科看護學」全集，全書以羅馬字(台語白話字)寫成。
　　1923年秋，返台就任馬偕醫院院長。
　　1934年3月創建台灣痲瘋病療養院樂山園(樂山教養院前身)

周惠憐醫生(Dr. Percival Cheal)(1919~1932)
　　1919年偕同夫人來台南。
　　1923年周惠憐醫生開始增建病房，包括雅片戒斷中心，痲瘋病治療中心以及呼吸道照護病房，此為南部肺病治療的首創，並且有小兒病房及護士宿舍。
　　1932年春返回英格蘭。

鍾寶能醫生(Dr. Dansey Smith)(1923~1927)
　　1923年偕同夫人抵達台南。
　　1927年返回英格蘭。

文甫道醫生(Dr. R. H. Mumford)(1925~1933)

李約翰醫生(Dr. John Liew Little)(1931~1935)
　　1931年秋跟同為醫生的妻子(Dr. Flora Gauld)抵達台南。
　　1932年　台灣宣教會議。
　　1933年2月11日，日本宮內省獎助新樓醫院造福病患頒予獎勵，這是由於李約翰醫生大力改善醫院內容及外觀，且增添現代化的設施如X光、紫外線、檢查室等，並增設小兒病房，使病患獲益良多。
　　1934年　台灣南部基督徒醫學會創立李約翰醫生是學會的主要推動者。
　　1936年3月18日就任彰化基督教醫院院長。
　　1936年12月　就任馬偕醫院院長

甘堯理醫生(Dr. G. Graham Cumming)(1934~1937)
　　1934年春，來到彰化醫院、新樓醫院。
　　1935年3月26日代理新樓醫院院長至1936年11月，之後回到彰化醫院。

1935
　　1935年日本政府政策性的逼迫英國公民離開台灣，對在台的英國人提出很多難題，例如要求英國人所經營的新樓醫院大幅度的整建，並修改醫院的營運和行政，其實實情是要迫使英國人關閉醫院或將醫院讓給日本人，英國母會最後決定讓台灣長老教會的南部大會承接醫院並以四萬元(當時日幣)將經營權讓與南部大會。

III.南部大會新樓醫院(1936~1945)~第二次世界大戰(1839~1945)

1936~1945
楊雲龍院長(Dr. Iûⁿ Hûn-liông)(1936~1942)
1936年1月11日就任院長。
1936年9月15日開辦產婆講習所，這個講習所對台灣鄉村婦女的生產有極大的幫助跟貢獻，這個講習所持續運作達八年之久(1936~1944)。
由於產婆講習所的空前成功及對鄉村婦女的顯著貢獻，1937年時任「台灣總督府醫學校」校長兼任「台灣醫學會」會長的堀內次雄率領成員造訪新樓醫院。

顏振聲醫生(Dr. Gân Chín-seng)(1942~1944)
1942年1月15日代理院長。
1942年4月19日著作「南部教會醫療傳道史」有白話字51頁，由台灣教會公報社出版，是台灣第一本有系統的醫療史。

番匠鐵雄院長(Bansho Tetsuo)(1944~1945)
1944年日本政府接收新樓醫院作為戰時總督府的台南醫院，派曾任長榮女中校長的番匠鐵雄為院長。
1945年10月　南部大會收回醫院。

IV.戰後中斷時期(1945~1950)
　　1945年8月15日　日本投降
　　1945年10月　南部大會收回醫院

V.新樓診療所(1950~1983)
1950~1983
施文子醫生(Dr. Si Bûn-chú)(1950~1956)
　　新樓院史上首位也是唯一一位女所長。
　　1950年5月5日　開辦南大新樓診療所，聘施文子醫師為所長。

林玉麟醫生(Dr. Lîm Gi?k-lîn) (1956~1961)
　　1957年南部大會結束，新樓診療所歸屬總會，仍託台南中會經營。
　　1960年5月，由教會人士及醫生組織為台南中會醫療傳道團(共69名團員王受祿博士為主席，劉瑞仁牧師為書記兼幹事)，奉獻他們的時間，提供醫療服務，幫助醫院度過難關。

劉瑞仁牧師(Rev. Lâu S?i-jîn) (1961~1974)
　　1961年11月醫療團正式承接新樓診療所的運作，劉瑞仁牧師成為兼任所長。

謝再生牧師(Rev. Chi? Tsài-seng) (1973~1975)
　　謝再生牧師代理所長。

余克賢牧師(Rev. Î Khek-hiân) (1975~1983)

VI.新樓醫院重建時期(1980~1985)

1980~1985
　　1982年4月　　　 第29屆總會表決通過新樓醫院之復興案。
　　1983年3月　　　 完成企劃藍圖，在原新樓醫院土地上興建。
　　1983年11月27日　由總會議長戴忠德牧師、台南中會議長洪溫柔牧師主持奠基感恩禮拜。
　　1985年11月24日　重建的新樓醫院舉行獻院感恩禮拜。

VII.重建後新樓醫院(1985~現在)
1985~1998
鄭良誠醫師(Dr. T?n Liông-sêng)(1985~1998)
　　1985年9月30日　鄭良誠醫師就任重建後第一任院長。
　　1851年1月24日　重建的新樓醫院舉行獻院感恩禮拜，並訂為院慶日。
　　1988年5月　　　地區教學醫院評鑑及格。
　　1988年10月　　 承辦勞農工保業務。
　　1990年11月24日 二期大樓落成，院慶5周年。
　　1994年8月6日　 安南門診部開設，開辦家醫科。
　　1997年3月1日　 麻豆分院獻院禮拜。
　　1998年2月　　　南棟醫療大樓定礎禮拜。
　　1998年5月21日　馬雅各紀念病房(安寧病房)啟用感恩禮拜。
　　1998年7月1日　 各院區加護病房評鑑甲級。

1998~1999
許重勝醫師(Dr. Khˊo^. Tiông- Sèng) (1998~1999)
　　重建後代理院長。

1999~2008
莊明雄醫師(Dr. Ming-Sion Tsuang)(1999~2008)
　　1999年　台南總院升格為區域醫院，莊明雄醫師就任重建後第二任院長。
　　2000年　台南總院第三期南棟醫療大樓落成，成立台南市東區社區健康營造中心。
　　2001年　麻豆分院員工宿舍大樓落成。
　　2002年　台南總院成立心導管室，麻豆分院通過衛生署評鑑為教學醫院。

2008~2016
黃祖源醫師(Dr. Tzuu-Yuan Huang)(2008~2016)
　　2008年　就任重建後第三任院長。
　　2010年　緬懷馬雅各醫生早期對台灣醫學貢獻，舉辦145周年院慶系列活動。
　　　　　　海外醫療宣教、印度醫療義診、史瓦濟蘭醫療義診。
　　　　　　台區成立癌症資源中心，成立遠距醫療照護。
　　　　　　 麻豆分院升格為區域教學醫院。
　　2011年　「馬雅各健檢中心」啟用。
　　　　　　 台南院區成立急重症加護中心。
　　2012年　新樓醫院電子報發行。
　　　　　　 國道84快速道路醫療專車啟航，提供左鎮、玉井楠西及大內等地區民眾免費接駁就醫服務。

　　2013年　海線醫療服務專車啟航，提供大台南海線(七股至北門區)及麻豆周邊民眾免費接駁就醫服務。
　　　　　　 麻豆院區成立心導管室。
　　　　　　「台南新樓醫院附設安南門診部」重新開幕(增設中醫科及復健科)。

　　2014年　台南院區成立醫學美容中心。

　　2015年　新樓醫院150周年慶。
　　　　　　 馬雅各醫學紀念館啟用。
　　　　　　 台南院區榮獲台灣更年期友善醫院認證，為大台南第一家認證合格醫院。
　　　　　　 麻豆新樓護理之家啟用。

　　2016年　勞工局全國首創與新樓醫院合作建立「職災勞工醫療協作平台」。

2016~
蔡江欽醫師(Dr. Chiang-Chin Tsai)(2016~至今)
　　2016年　就任重建後第四任院長。

　　2017年　台南院區與麻豆院區通過教學醫院評鑑合格，效期自106年至109年。

　　2018年　台南院區與麻豆院區通過醫院評鑑合格，效期自107年至110年。
　　　　　　 傳愛到布吉納法索。
　　　　　　 台南院區成立核子醫學科。
　　　　　　 台南院區與麻豆院區通過健康醫院認證，效期自108年至113年。
　　　　 　　台南院區台南市安南區社區整合照護A級服務據點暨失智共同照護中心啟用。
　　　　 　　麻豆院區台南市善化區社區整合照護A級服務據點啟用。
　　　　　　 台南院區榮獲SNQ國家品質標章-建構腦中風一條龍照護模式:全力救腦、用心復健。
　　　　　　 台南、麻豆兩院區雙雙通過TOSHMS驗證，此為大台南地區首次有醫療機構通過之驗證。