| I.舊醫館時期(1865~1900) |
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1865~1871
台灣第一間現代化西式醫院，係由馬雅各博士(Dr. James Laidlaw Maxwell)所創設，一般稱為「新樓醫館」
。1865年5月28日馬雅各博士抵達旗后(現今高雄旗津)，旋即轉往台南開設看西街醫館(新樓醫院的前身)，進行醫療傳道的事工。
馬雅各博士(1865~1871)(服務於新樓的期間)
1865年6月16日 馬雅各博士與英國宣師杜嘉德牧師於台南看西街開辦看西街醫館，前半部分做禮拜堂後半部分做醫館及藥局。這是全台第一間西式醫院。
1865年7月 在旗后租屋為佈道所。
1869年1月 在二老口租屋為傳教根據地(舊樓)。
1871年11月 馬雅各醫師離台歸國。
1883年12月23日 馬雅各醫師再度來台。
1885年4月 馬雅各醫師最後一次離台返回英國。
宣為霖牧師(Rev. W. S. Swanaon),第一位為台灣信徒施洗的牧師
1866年7月23日來台，有五個星期的時間協助馬雅各醫師在打狗(高雄)的事工，同年8月12日在旗后為4名信徒施洗。
萬巴德醫生(Dr. Patrick Manson),熱帶醫學之父
1866年萬巴德醫生受聘為中國海關醫生駐打狗(旗后)，他也協助馬雅各醫生在旗后所設診所的醫務，而1869年馬雅各醫生回到府城，其診所就託萬巴德醫生來維持，直至1871年萬巴德醫生轉往廈門為止。
李庥牧師(Rev. Hugh ritchie)，首位駐台宣教師
1867年12月23日英國宣道會派遣李庥牧師到台灣宣教。 |
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1871~1878
德馬太醫師(Dr. Matthew Dickson)(1871~1878)
1871年2月10日 來台駐在台灣府(台南)。
1878年1月08日 退休返回英國，二老口醫館暫時關閉。
甘為霖牧師(Rev. William Campbell)，南部臺灣教會第二任宣教師
1871年12月抵達台灣，在南部臺灣教會從事宣教事工達46年之久，一直到76歲才退休返回英國。甘為霖牧師開設台灣第一所盲人學校「訓瞽堂」及編撰廈門音字典。
巴克禮牧師(Rev. Thomas Barclay)
在馬雅各醫生開設第二三教區之後，上帝差遣一位偉大的福音使者_巴克禮牧師來台灣(1875年6月5日)，巴克禮牧師於1876年創立台南神學院，又於1885年7月創設台灣教會公報社，其一生獻身台灣福音事工達60年之久。 |
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1879~1901
安彼得醫生(Dr. Peter Anderson)(1879~1901)
1879年1月14日來台，在舊醫館服務最久，達22年。新樓醫院在他手中完成設計及興建。1901年2月24日安彼得醫生把新樓交給馬雅各醫生二世，然後轉往旗后醫館(後來變成慕德醫院)。安彼得醫生在台灣醫療傳道近31年而且培養出很多本地的醫學生。
萊約翰醫生(Dr. John Lang)(1885~1887)
1885年11月12日 抵達台南開始醫療傳道
1887年10月8日 前往廈門服務
盧嘉敏醫生(Dr. Gavin Russell)(1888~1892)
1888年12月22日 抵達台南開始醫療傳道
1890年4月28日 轉往台中開設大社醫館，造福眾多病患，也引領很多人信主;可惜1892年4月患腸熱症，在由彰化轉往台南的途中死於嘉義，英年早逝，得年僅25歲，葬於現今台南市基督教公墓內。
伊利莎白醫生(Dr. Elizabeth christie)(Mrs. Duncan Ferguson/宋忠堅牧師的師母)(1892~1901)
1892年2月19日由香港抵達台南。
伊利莎白醫生是宋忠堅牧師(Rev. Duncan ferguson M.A.)的牧師娘，她除了要協助宋忠堅牧師外，本身也是一位忙碌的婦產科與小兒科醫生。在那個年代本島的婦女都不喜歡由男醫生治療，所以女醫生對婦女疾病幫助很大，她也有很多機會傳揚福音，不幸的是，他於1901年1月17日病逝於任內，得年37歲，長眠於台南的教會公墓。
金醫生(Dr. Murray Cairns)(1893~1895)
1893年3月20日抵達台南，1895年4月6日患病返回英格蘭。
蘭大衛醫生(Dr. David Landsborough)(1895~1936)
1895年12月18日抵達台南。
1896年11月29日與梅監霧牧師(Rev. Campbell Moody)在彰化開設醫館。
1908年5月暫代馬雅各醫生二世新樓醫院院長職務。
1909年12月6日回彰化再開辦彰化醫院。
1936年3月6日退休離開台灣。
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II.新樓醫生館時期(1900~1935)~台灣在日本統治的年代(1895~1945)
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1901~1935
馬雅各醫生二世(Dr. James Laidlaw Maxwell, Jr.)(1901~1923)
1901年2月24日抵達台南。
從1901至1908，馬雅各醫生二世導入很多新的醫術，像是蒸汽消毒、創設X光...等，也積極進行鴉片戒斷及性病防治，以及致力於痲瘋病的預防與治療。
1923年春天，辭去新樓醫院的職務，赴中國上海就任「博醫會」執行幹事。
戴仁壽醫生(Dr. George Gushue-Taylor)(1911~1918)
1911年12月抵達台南。
1917年出刊「內外科看護學」全集，全書以羅馬字(台語白話字)寫成。
1923年秋，返台就任馬偕醫院院長。
1934年3月創建台灣痲瘋病療養院樂山園(樂山教養院前身)
周惠憐醫生(Dr. Percival Cheal)(1919~1932)
1919年偕同夫人來台南。
1923年周惠憐醫生開始增建病房，包括雅片戒斷中心，痲瘋病治療中心以及呼吸道照護病房，此為南部肺病治療的首創，並且有小兒病房及護士宿舍。
1932年春返回英格蘭。
鍾寶能醫生(Dr. Dansey Smith)(1923~1927)
1923年偕同夫人抵達台南。
1927年返回英格蘭。
文甫道醫生(Dr. R. H. Mumford)(1925~1933)
李約翰醫生(Dr. John Liew Little)(1931~1935)
1931年秋跟同為醫生的妻子(Dr. Flora Gauld)抵達台南。
1932年 台灣宣教會議。
1933年2月11日，日本宮內省獎助新樓醫院造福病患頒予獎勵，這是由於李約翰醫生大力改善醫院內容及外觀，且增添現代化的設施如X光、紫外線、檢查室等，並增設小兒病房，使病患獲益良多。
1934年 台灣南部基督徒醫學會創立李約翰醫生是學會的主要推動者。
1936年3月18日就任彰化基督教醫院院長。
1936年12月 就任馬偕醫院院長
甘堯理醫生(Dr. G. Graham Cumming)(1934~1937)
1934年春，來到彰化醫院、新樓醫院。
1935年3月26日代理新樓醫院院長至1936年11月，之後回到彰化醫院。 |
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1935
1935年日本政府政策性的逼迫英國公民離開台灣，對在台的英國人提出很多難題，例如要求英國人所經營的新樓醫院大幅度的整建，並修改醫院的營運和行政，其實實情是要迫使英國人關閉醫院或將醫院讓給日本人，英國母會最後決定讓台灣長老教會的南部大會承接醫院並以四萬元(當時日幣)將經營權讓與南部大會。 |
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| III.南部大會新樓醫院(1936~1945)~第二次世界大戰(1839~1945) |
1936~1945
楊雲龍院長(Dr. Iûn Hûn-liông)(1936~1942)
1936年1月11日就任院長。
1936年9月15日開辦產婆講習所，這個講習所對台灣鄉村婦女的生產有極大的幫助跟貢獻，這個講習所持續運作達八年之久(1936~1944)。
由於產婆講習所的空前成功及對鄉村婦女的顯著貢獻，1937年時任「台灣總督府醫學校」校長兼任「台灣醫學會」會長的堀內次雄率領成員造訪新樓醫院。
顏振聲醫生(Dr. Gân Chín-seng)(1942~1944)
1942年1月15日代理院長。
1942年4月19日著作「南部教會醫療傳道史」有白話字51頁，由台灣教會公報社出版，是台灣第一本有系統的醫療史。
番匠鐵雄院長(Bansho Tetsuo)(1944~1945)
1944年日本政府接收新樓醫院作為戰時總督府的台南醫院，派曾任長榮女中校長的番匠鐵雄為院長。
1945年10月 南部大會收回醫院。 |
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IV.戰後中斷時期(1945~1950)
1945年8月15日 日本投降
1945年10月 南部大會收回醫院 |
| V.新樓診療所(1950~1983) |
1950~1983
施文子醫生(Dr. Si Bûn-chú)(1950~1956)
新樓院史上首位也是唯一一位女所長。
1950年5月5日 開辦南大新樓診療所，聘施文子醫師為所長。
林玉麟醫生(Dr. Lîm Gi?k-lîn) (1956~1961)
1957年南部大會結束，新樓診療所歸屬總會，仍託台南中會經營。
1960年5月，由教會人士及醫生組織為台南中會醫療傳道團(共69名團員王受祿博士為主席，劉瑞仁牧師為書記兼幹事)，奉獻他們的時間，提供醫療服務，幫助醫院度過難關。
劉瑞仁牧師(Rev. Lâu S?i-jîn) (1961~1974)
1961年11月醫療團正式承接新樓診療所的運作，劉瑞仁牧師成為兼任所長。
謝再生牧師(Rev. Chi? Tsài-seng) (1973~1975)
謝再生牧師代理所長。
余克賢牧師(Rev. Î Khek-hiân) (1975~1983) |
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| VI.新樓醫院重建時期(1980~1985) |
1980~1985
1982年4月 第29屆總會表決通過新樓醫院之復興案。
1983年3月 完成企劃藍圖，在原新樓醫院土地上興建。
1983年11月27日 由總會議長戴忠德牧師、台南中會議長洪溫柔牧師主持奠基感恩禮拜。
1985年11月24日 重建的新樓醫院舉行獻院感恩禮拜。 |
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| VII.重建後新樓醫院(1985~現在) |
1985~1998
鄭良誠醫師(Dr. T?n Liông-sêng)(1985~1998)
1985年9月30日 鄭良誠醫師就任重建後第一任院長。
1851年1月24日 重建的新樓醫院舉行獻院感恩禮拜，並訂為院慶日。
1988年5月 地區教學醫院評鑑及格。
1988年10月 承辦勞農工保業務。
1990年11月24日 二期大樓落成，院慶5周年。
1994年8月6日 安南門診部開設，開辦家醫科。
1997年3月1日 麻豆分院獻院禮拜。
1998年2月 南棟醫療大樓定礎禮拜。
1998年5月21日 馬雅各紀念病房(安寧病房)啟用感恩禮拜。
1998年7月1日 各院區加護病房評鑑甲級。 |
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1998~1999
許重勝醫師(Dr. Khˊo. Tiông- Sèng) (1998~1999)
重建後代理院長。 |
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1999~2008
莊明雄醫師(Dr. Ming-Sion Tsuang)(1999~2008)
1999年 台南總院升格為區域醫院，莊明雄醫師就任重建後第二任院長。
2000年 台南總院第三期南棟醫療大樓落成，成立台南市東區社區健康營造中心。
2001年 麻豆分院員工宿舍大樓落成。
2002年 台南總院成立心導管室，麻豆分院通過衛生署評鑑為教學醫院。 |
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2008~2016
黃祖源醫師(Dr. Tzuu-Yuan Huang)(2008~2016)
2008年 就任重建後第三任院長。
2010年 緬懷馬雅各醫生早期對台灣醫學貢獻，舉辦145周年院慶系列活動。
海外醫療宣教、印度醫療義診、史瓦濟蘭醫療義診。
台區成立癌症資源中心，成立遠距醫療照護。
麻豆分院升格為區域教學醫院。
2011年 「馬雅各健檢中心」啟用。
台南院區成立急重症加護中心。
2012年 新樓醫院電子報發行。
國道84快速道路醫療專車啟航，提供左鎮、玉井楠西及大內等地區民眾免費接駁就醫服務。
2013年 海線醫療服務專車啟航，提供大台南海線(七股至北門區)及麻豆周邊民眾免費接駁就醫服務。
麻豆院區成立心導管室。
「台南新樓醫院附設安南門診部」重新開幕(增設中醫科及復健科)。
2014年 台南院區成立醫學美容中心。
2015年 新樓醫院150周年慶。
馬雅各醫學紀念館啟用。
台南院區榮獲台灣更年期友善醫院認證，為大台南第一家認證合格醫院。
麻豆新樓護理之家啟用。
2016年 勞工局全國首創與新樓醫院合作建立「職災勞工醫療協作平台」。 |
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2016~
蔡江欽醫師(Dr. Chiang-Chin Tsai)(2016~至今)
2016年 就任重建後第四任院長。
2017年 台南院區與麻豆院區通過教學醫院評鑑合格，效期自106年至109年。
2018年 台南院區與麻豆院區通過醫院評鑑合格，效期自107年至110年。
傳愛到布吉納法索。
台南院區成立核子醫學科。
台南院區與麻豆院區通過健康醫院認證，效期自108年至113年。
台南院區台南市安南區社區整合照護A級服務據點暨失智共同照護中心啟用。
麻豆院區台南市善化區社區整合照護A級服務據點啟用。
台南院區榮獲SNQ國家品質標章-建構腦中風一條龍照護模式:全力救腦、用心復健。
台南、麻豆兩院區雙雙通過TOSHMS驗證，此為大台南地區首次有醫療機構通過之驗證。
2019年 麻豆院區護理之家榮獲內政部「107年全國優良防火管理措施場所績優單位獎」
麻豆院區榮獲經濟部107年節能標杆全國銀獎、消防署107年全國優良防火管理措施場所獎。
麻豆院區台南市下營區失智社區服務據點啟用
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