| I.舊醫館時期(1865~1900) |
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1865~1871
台灣第一間現代化西式醫院，係由馬雅各博士(Dr. James Laidlaw Maxwell)所創設，一般稱為「新樓醫館」
。1865年5月28日馬雅各博士抵達旗后(現今高雄旗津)，旋即轉往台南開設看西街醫館(新樓醫院的前身)，進行醫療傳道的事工。
馬雅各博士(1865~1871)(服務於新樓的期間)
1865年6月16日 馬雅各博士與英國宣師杜嘉德牧師於台南看西街開辦看西街醫館，前半部分做禮拜堂後半部分做醫館及藥局。這是全台第一間西式醫院。
1865年7月 在旗后租屋為佈道所。
1869年1月 在二老口租屋為傳教根據地(舊樓)。
1871年11月 馬雅各醫師離台歸國。
1883年12月23日 馬雅各醫師再度來台。
1885年4月 馬雅各醫師最後一次離台返回英國。
宣為霖牧師(Rev. W. S. Swanaon),第一位為台灣信徒施洗的牧師
1866年7月23日來台，有五個星期的時間協助馬雅各醫師在打狗(高雄)的事工，同年8月12日在旗后為4名信徒施洗。
萬巴德醫生(Dr. Patrick Manson),熱帶醫學之父
1866年萬巴德醫生受聘為中國海關醫生駐打狗(旗后)，他也協助馬雅各醫生在旗后所設診所的醫務，而1869年馬雅各醫生回到府城，其診所就託萬巴德醫生來維持，直至1871年萬巴德醫生轉往廈門為止。
李庥牧師(Rev. Hugh ritchie)，首位駐台宣教師
1867年12月23日英國宣道會派遣李庥牧師到台灣宣教。 |
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1871~1878
德馬太醫師(Dr. Matthew Dickson)(1871~1878)
1871年2月10日 來台駐在台灣府(台南)。
1878年1月08日 退休返回英國，二老口醫館暫時關閉。
甘為霖牧師(Rev. William Campbell)，南部臺灣教會第二任宣教師
1871年12月抵達台灣，在南部臺灣教會從事宣教事工達46年之久，一直到76歲才退休返回英國。甘為霖牧師開設台灣第一所盲人學校「訓瞽堂」及編撰廈門音字典。
巴克禮牧師(Rev. Thomas Barclay)
在馬雅各醫生開設第二三教區之後，上帝差遣一位偉大的福音使者_巴克禮牧師來台灣(1875年6月5日)，巴克禮牧師於1876年創立台南神學院，又於1885年7月創設台灣教會公報社，其一生獻身台灣福音事工達60年之久。 |
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1879~1901
安彼得醫生(Dr. Peter Anderson)(1879~1901)
1879年1月14日來台，在舊醫館服務最久，達22年。新樓醫院在他手中完成設計及興建。1901年2月24日安彼得醫生把新樓交給馬雅各醫生二世，然後轉往旗后醫館(後來變成慕德醫院)。安彼得醫生在台灣醫療傳道近31年而且培養出很多本地的醫學生。
萊約翰醫生(Dr. John Lang)(1885~1887)
1885年11月12日 抵達台南開始醫療傳道
1887年10月8日 前往廈門服務
盧嘉敏醫生(Dr. Gavin Russell)(1888~1892)
1888年12月22日 抵達台南開始醫療傳道
1890年4月28日 轉往台中開設大社醫館，造福眾多病患，也引領很多人信主;可惜1892年4月患腸熱症，在由彰化轉往台南的途中死於嘉義，英年早逝，得年僅25歲，葬於現今台南市基督教公墓內。
伊利莎白醫生(Dr. Elizabeth christie)(Mrs. Duncan Ferguson/宋忠堅牧師的師母)(1892~1901)
1892年2月19日由香港抵達台南。
伊利莎白醫生是宋忠堅牧師(Rev. Duncan ferguson M.A.)的牧師娘，她除了要協助宋忠堅牧師外，本身也是一位忙碌的婦產科與小兒科醫生。在那個年代本島的婦女都不喜歡由男醫生治療，所以女醫生對婦女疾病幫助很大，她也有很多機會傳揚福音，不幸的是，他於1901年1月17日病逝於任內，得年37歲，長眠於台南的教會公墓。
金醫生(Dr. Murray Cairns)(1893~1895)
1893年3月20日抵達台南，1895年4月6日患病返回英格蘭。
蘭大衛醫生(Dr. David Landsborough)(1895~1936)
1895年12月18日抵達台南。
1896年11月29日與梅監霧牧師(Rev. Campbell Moody)在彰化開設醫館。
1908年5月暫代馬雅各醫生二世新樓醫院院長職務。
1909年12月6日回彰化再開辦彰化醫院。
1936年3月6日退休離開台灣。
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II.新樓醫生館時期(1900~1935)~台灣在日本統治的年代(1895~1945)
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1901~1935
馬雅各醫生二世(Dr. James Laidlaw Maxwell, Jr.)(1901~1923)
1901年2月24日抵達台南。
從1901至1908，馬雅各醫生二世導入很多新的醫術，像是蒸汽消毒、創設X光...等，也積極進行鴉片戒斷及性病防治，以及致力於痲瘋病的預防與治療。
1923年春天，辭去新樓醫院的職務，赴中國上海就任「博醫會」執行幹事。
戴仁壽醫生(Dr. George Gushue-Taylor)(1911~1918)
1911年12月抵達台南。
1917年出刊「內外科看護學」全集，全書以羅馬字(台語白話字)寫成。
1923年秋，返台就任馬偕醫院院長。
1934年3月創建台灣痲瘋病療養院樂山園(樂山教養院前身)
周惠憐醫生(Dr. Percival Cheal)(1919~1932)
1919年偕同夫人來台南。
1923年周惠憐醫生開始增建病房，包括雅片戒斷中心，痲瘋病治療中心以及呼吸道照護病房，此為南部肺病治療的首創，並且有小兒病房及護士宿舍。
1932年春返回英格蘭。
鍾寶能醫生(Dr. Dansey Smith)(1923~1927)
1923年偕同夫人抵達台南。
1927年返回英格蘭。
文甫道醫生(Dr. R. H. Mumford)(1925~1933)
李約翰醫生(Dr. John Liew Little)(1931~1935)
1931年秋跟同為醫生的妻子(Dr. Flora Gauld)抵達台南。
1932年 台灣宣教會議。
1933年2月11日，日本宮內省獎助新樓醫院造福病患頒予獎勵，這是由於李約翰醫生大力改善醫院內容及外觀，且增添現代化的設施如X光、紫外線、檢查室等，並增設小兒病房，使病患獲益良多。
1934年 台灣南部基督徒醫學會創立李約翰醫生是學會的主要推動者。
1936年3月18日就任彰化基督教醫院院長。
1936年12月 就任馬偕醫院院長
甘堯理醫生(Dr. G. Graham Cumming)(1934~1937)
1934年春，來到彰化醫院、新樓醫院。
1935年3月26日代理新樓醫院院長至1936年11月，之後回到彰化醫院。 |
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1935
1935年日本政府政策性的逼迫英國公民離開台灣，對在台的英國人提出很多難題，例如要求英國人所經營的新樓醫院大幅度的整建，並修改醫院的營運和行政，其實實情是要迫使英國人關閉醫院或將醫院讓給日本人，英國母會最後決定讓台灣長老教會的南部大會承接醫院並以四萬元(當時日幣)將經營權讓與南部大會。 |
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| III.南部大會新樓醫院(1936~1945)~第二次世界大戰(1839~1945) |
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1936~1945
楊雲龍院長(Dr. Iûn Hûn-liông)(1936~1942)
1936年1月11日就任院長。
1936年9月15日開辦產婆講習所，這個講習所對台灣鄉村婦女的生產有極大的幫助跟貢獻，這個講習所持續運作達八年之久(1936~1944)。
由於產婆講習所的空前成功及對鄉村婦女的顯著貢獻，1937年時任「台灣總督府醫學校」校長兼任「台灣醫學會」會長的堀內次雄率領成員造訪新樓醫院。
顏振聲醫生(Dr. Gân Chín-seng)(1942~1944)
1942年1月15日代理院長。
1942年4月19日著作「南部教會醫療傳道史」有白話字51頁，由台灣教會公報社出版，是台灣第一本有系統的醫療史。
番匠鐵雄院長(Bansho Tetsuo)(1944~1945)
1944年日本政府接收新樓醫院作為戰時總督府的台南醫院，派曾任長榮女中校長的番匠鐵雄為院長。
1945年10月 南部大會收回醫院。 |
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IV.戰後中斷時期(1945~1950)
1945年8月15日 日本投降
1945年10月 南部大會收回醫院 |
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| V.新樓診療所(1950~1983) |
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1950~1983
施文子醫生(Dr. Si Bûn-chú)(1950~1956)
新樓院史上首位也是唯一一位女所長。
1950年5月5日 開辦南大新樓診療所，聘施文子醫師為所長。
林玉麟醫生(Dr. Lîm Gi?k-lîn) (1956~1961)
1957年南部大會結束，新樓診療所歸屬總會，仍託台南中會經營。
1960年5月，由教會人士及醫生組織為台南中會醫療傳道團(共69名團員王受祿博士為主席，劉瑞仁牧師為書記兼幹事)，奉獻他們的時間，提供醫療服務，幫助醫院度過難關。
劉瑞仁牧師(Rev. Lâu S?i-jîn) (1961~1974)
1961年11月醫療團正式承接新樓診療所的運作，劉瑞仁牧師成為兼任所長。
謝再生牧師(Rev. Chi? Tsài-seng) (1973~1975)
謝再生牧師代理所長。
余克賢牧師(Rev. Î Khek-hiân) (1975~1983) |
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| VI.新樓醫院重建時期(1980~1985) |
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1980~1985
1982年4月 第29屆總會表決通過新樓醫院之復興案。
1983年3月 完成企劃藍圖，在原新樓醫院土地上興建。
1983年11月27日 由總會議長戴忠德牧師、台南中會議長洪溫柔牧師主持奠基感恩禮拜。
1985年11月24日 重建的新樓醫院舉行獻院感恩禮拜。 |
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| VII.重建後新樓醫院(1985~現在) |
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1985~1998
鄭良誠醫師(Dr. T?n Liông-sêng)(1985~1998)
1985年9月30日 鄭良誠醫師就任重建後第一任院長。
1851年1月24日 重建的新樓醫院舉行獻院感恩禮拜，並訂為院慶日。
1988年5月 地區教學醫院評鑑及格。
1988年10月 承辦勞農工保業務。
1990年11月24日 二期大樓落成，院慶5周年。
1994年8月6日 安南門診部開設，開辦家醫科。
1997年3月1日 麻豆分院獻院禮拜。
1998年2月 南棟醫療大樓定礎禮拜。
1998年5月21日 馬雅各紀念病房(安寧病房)啟用感恩禮拜。
1998年7月1日 各院區加護病房評鑑甲級。 |
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1998~1999
許重勝醫師(Dr. Khˊo. Tiông- Sèng) (1998~1999)
重建後代理院長。 |
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1999~2008
莊明雄醫師(Dr. Ming-Sion Tsuang)(1999~2008)
1999年 台南總院升格為區域醫院，莊明雄醫師就任重建後第二任院長。
2000年 台南總院第三期南棟醫療大樓落成，成立台南市東區社區健康營造中心。
2001年 麻豆分院員工宿舍大樓落成。
2002年 台南總院成立心導管室，麻豆分院通過衛生署評鑑為教學醫院。 |
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2008~2016
黃祖源醫師(Dr. Tzuu-Yuan Huang)(2008~2016)
2008年 就任重建後第三任院長。
2010年 緬懷馬雅各醫生早期對台灣醫學貢獻，舉辦145周年院慶系列活動。
海外醫療宣教、印度醫療義診、史瓦濟蘭醫療義診。
台區成立癌症資源中心，成立遠距醫療照護。
麻豆分院升格為區域教學醫院。
2011年 「馬雅各健檢中心」啟用。
台南院區成立急重症加護中心。
2012年 新樓醫院電子報發行。
國道84快速道路醫療專車啟航，提供左鎮、玉井楠西及大內等地區民眾免費接駁就醫服務。
2013年 海線醫療服務專車啟航，提供大台南海線(七股至北門區)及麻豆周邊民眾免費接駁就醫服務。
麻豆院區成立心導管室。
「台南新樓醫院附設安南門診部」重新開幕(增設中醫科及復健科)。
2014年 台南院區成立醫學美容中心。
2015年 新樓醫院150周年慶。
馬雅各醫學紀念館啟用。
台南院區榮獲台灣更年期友善醫院認證，為大台南第一家認證合格醫院。
麻豆新樓護理之家啟用。
2016年 勞工局全國首創與新樓醫院合作建立「職災勞工醫療協作平台」。 |
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2016~
蔡江欽醫師(Dr. Chiang-Chin Tsai)(2016~2020)
2016年 就任重建後第四任院長。
2017年 台南院區與麻豆院區通過教學醫院評鑑合格，效期自106年至109年。
2018年 台南院區與麻豆院區通過醫院評鑑合格，效期自107年至110年。
傳愛到布吉納法索。
台南院區成立核子醫學科。
台南院區與麻豆院區通過健康醫院認證，效期自108年至113年。
台南院區台南市安南區社區整合照護A級服務據點暨失智共同照護中心啟用。
麻豆院區台南市善化區社區整合照護A級服務據點啟用。
台南院區榮獲SNQ國家品質標章-建構腦中風一條龍照護模式:全力救腦、用心復健。
台南、麻豆兩院區雙雙通過TOSHMS驗證，此為大台南地區首次有醫療機構通過之驗證。
2019年 麻豆院區護理之家榮獲內政部「107年全國優良防火管理措施場所績優單位獎」
麻豆院區榮獲經濟部107年節能標杆全國銀獎、消防署107年全國優良防火管理措施場所獎。
麻豆院區台南市下營區失智社區服務據點啟用
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2020~
劉啓擧醫師(Dr. Chi-Chu Liu)(2020~至今)
2020年 就任重建後第五任院長。
第四任院長蔡江欽醫師卸任暨第五任院長劉啓擧醫師就任交接感恩禮拜。
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