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本診所於民國83年8月成立開辦。由於安南區地廣遼闊、交通不便醫療資源缺乏，藉本院醫療道之一貫精神，加強服務安南區的民眾，並提高安南區的醫療水準，自此展開安南診所及台南院區雙向的醫療服務。
安南診所設有家庭醫學科、復健科、骨科，附設藥局提供藥物諮詢服務、並設有超音波檢查、復健科治療區及免費醫療交通車往返台南院區、安南診所、麻豆院區，提供更完善的醫療照顧服務。以基督的愛服務病患，讓每位尋求健康者能得到身心靈全人之關照、並找到人生的盼望。
民國109年起增加腸胃內科(113年看診日期3/22、4/19、5/3、5/17、5/31、6/14、6/28)、心臟內科門診，民國111年2月起增加神經內科，民國111年3月15日起啟用X光檢查室，提供民眾更完整的醫療。
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